Prehistorie
Ca. 450.000 jaar geleden vestigde de homo erectus zich in de buurt van Les Eyzies (Périgord) en leefde in en rond de grotten die in dit deel van Frankrijk talrijk zijn.
De homo erectus werd opgevolgd door de Neanderthaler, ook een grotbewoner, die leefde in stamverband en ca. 120.000 jaar geleden in deze regio opdook. Ook de Cro Magnon, een homo sapiens, leefde in deze regio, ca. 50.000 jaar geleden. Onze directe voorouders verschenen ca. 40.000 jaar geleden in Lot en ongeveer 4000 v.Chr. begonnen deze mensen zich bezig te houden met landbouw en veeteelt. Het einde van de prehistorie was hiermee een feit en deze overgang wordt ook wel de neolithische revolutie genoemd.
Oudheid
Rond 500 v.Chr. werd Lot bewoond door een Keltische stam, de Cadurci, die Divona (nu Cahors) stichtten. Vanaf 56 v.Chr. werden de Cadurci gekoloniseerd door de Romeinen onder leiding van Julius Caesar. De Cadurci werden uiteindelijk verslagen in Uxelldunum, in het noorden van Lot. De verslagen Cadurci maakten hierna van de nood een deugd en probeerde zoveel mogelijk te profiteren van de aanwezigheid van de Romeinen. Die introduceerden onder andere de wijnbouw en mede daardoor ontwikkelde Lot zich tot een verstedelijkte, rijke regio. In 28 v.Chr. werd het zuidelijke deel van Gallië, waartoe Lot behoorde, de provincie Aquitania.
Middeleeuwen
Tussen de 4e en 5e eeuw n.Chr. werd Lot geleidelijk gekerstend. In 813 werd de provincie Quercy, waartoe Lot behoorde, verheven tot een graafschap, ressorterend onder het koninkrijk Aquitanië. Dit koninkrijk werd bestuurd door een vazal van de Frankische koning en in 849 werd de Quercy bij het graafschap Toulouse gevoegd. Tot halverwege de 10e eeuw werd de Quercy geteisterd door eindeloze ruzies tussen plaatselijke heersers. Alleen de bisschop van Cahors wist zich aan het voortdurende geruzie te ontworstelen; hij vertegenwoordigde als graaf het hoogste adellijke gezag.
In 1152 scheidde Eleonora van Aquitanië van Lodewijk VII, de koning van Frankrijk en hertrouwde met Hendrik van Plantagenet, die twee jaar later koning van Engeland werd. Hierdoor werden grote delen van Frankrijk bezit van Engeland, waaronder Guyenne (Aquitanië). Quercy was in die tijd een grensgebied tussen de koninkrijken Engeland en Frankrijk, maar werd in 1190 afgestaan aan de Engelsen. In de periode 1294-1296 werd het gebied voor Frankrijk echter alweer veroverd door Filips IV de Schone, uit het geslacht der Capetingers. Filips overleed in 1314 en zijn drie zonen niet lang daarna. Er waren verder geen mannelijke troonopvolgers en volgens d dwet kon de troon niet vervallen aan de vrouwelijke lijn. Vanaf 1328 was de troon van Frankrijk onbezet. Uiteindelijk werd een neef van Filips, Filips VI van Valois, tot koning van Frankrijk gekozen. Er kondigden zich echter weer problemen aan toen een kleinzoon van Filips de Schone, Edward III van Engeland, aanspraken ging maken op de Franse troon. Filips VI van Valois ging hier uiteraard niet op in en niet lang daarna brak de Honderdjarige Oorlog uit.
Honderdjarige Oorlog, godsdienstoorlogen en boerenoorlogen
In 1360 werd het Verdrag van Brétigny gesloten, waarbij Frankrijk ongeveer de helft van zijn grondgebied aan Engeland afstond. Frankrijk kreeg daar Guyenne voor terug, inclusief Lot. De 14e eeuw stond ook in het teken van grote hongersnoden en de pest, die de bevolking van Lot bijna geheel ontvolkte. Immigratie vanuit de Auvergne en de Rouergue zorgden ervoor dat de bevolking weer wat op peil raakte. Quercy (inclusief Lot), bleef gedurende de gehele Honderdjarige Oorlog trouw aan de koning van Frankrijk en zorgde voor veel problemen bij de Engelse bezettingsmacht. Zo slaagden de Fransen erin om in 1369 de Engelsen uit Cahors te verjagen. Aan het einde van de oorlog, in 1453, viel Quercy weer officieel aan Frankrijk toe.
In 1540 kreeg Lot te maken met de opmars vanuit het zuiden van de Reformatie. Dit uiteraard tot groot ongenoegen van de katholieke bisschoppen, die het protestantisme als een dwaalleer beschouwden. Cahors koos de kant van de katholieke kerk en in 1562 werden er in deze plaats veel protestanten zonder pardon vermoord. Als represaille werden er honderden boeren door een protestants leger levend verbrand. In 1572 was het al zover dat alle katholieken in het gebied door de protestanten werden opgejaagd. Zelfs complete steden werden voor dit doel platgebrand. In 1577 werd er een vredesakkoord getekend in Bergerac, maar al in 1580 werd Cahors ingenomen door de protestant Geoffroy de Vivans. In 1598 kwam er een einde aan de vijandelijkheden door het Edict van Nantes, waarbij de protestanten hun geloof in vrijheid mochten belijden. Dit hield feitelijk in dat Quercy verdeeld werd in een katholiek gedeelte, Lot, en in een protestant gedeelte, Tarn-et-Garonne. In 1629 werd het Edict van Nantes bekrachtigd met de Vrede van Alès.
Door de godsdienstoorlogen hadden vooral de boeren in Lot veel te lijden gehad, niet allen door de strijd maar ook door de steeds hogere belastingaanslagen, die nodig waren om de oorlogen te kunnen voeren. Eind 16e eeuw hadden de boeren er meer dan genoeg van en richtten een eigen leger op, dat na aanvankelijke successen verslagen werd. In 1637 wederom een boerenopstand (révolte des croquants) tegen belastingverhogingen, en ook in 1707 en 1789 trokken de boeren ten strijde.
Ontstaan en ontwikkeling van departement Lot
In 1790 werd de provincie Périgord het departement Dordogne en Haut-Quercy en Bas-Quercy werden samengevoegd tot het departement Lot. Tegelijkertijd werd Cahors de nieuwe hoofdstad van het departement, in plaats van Montauban. De gehele 19e eeuw was voor de boeren nog een moeilijke tijd door de ontvolking van het platteland waar nog een druifluisepidemie bovenop kwam. Toch begon de situatie eind 19e al te verbeteren door de aanleg van spoorlijnen en het kanaliseren van een deel van de Lot. Deze ontwikkelingen zorgden voor een economische bloei die in het begin van de 20e eeuw verder versterkt werd.
De Eerste Wereldoorlog zorgde voor een terugslag, maar de Tweede Wereldoorlog had niet zoveel gevolgen voor Lot, dat namelijk in het niet-bezette Vichy-Frankrijk van maarschalk Pétain lag. De bossen en de ‘causses’ bleken uitstekende schuilplaatsen voor de ondergrondse (maquis) en Lot telde in 1943 meer dan veertig verzetseenheden.
Na de oorlog ging het economisch steeds slechter met Lot, dat de industrialisatie van het platteland volledig miste. De laatste decennia werd dat echter een groot pluspunt voor de ontwikkeling van het toerisme in dit gebied. Toeristen waarderen het onaangetaste landschap zeer en trekken massaal naar Lot en omgeving.